Мікроскопія - це методика спостереження та вивчення об'єктів та їх частин, які не видно неозброєним оком (перебувають поза діапазоном здатності зорової системи людини) за допомогою мікроскопа. Основні напрямки мікроскопії - оптична, електронна і скануюча зондова, а також наймолодша з них, рентгенівська мікроскопія, що активно розвивається.

Електронна мікроскопія є безцінним інструментом для діагностики різних захворювань. Під час вивчення окремих клітин та його складових елементів електронні мікроскопи значно перевищують світлові. Ядро, цитоплазма, органоїди, цитоскелети та інші елементи клітини найвиразніше спостерігаються саме під електронним променем.